水质自动监测系统的功能目前进行水质监测大多采用两种方式：1．手工采样实验室监测因为跨省、市界的河流监测断面均距离城镇较远，手工采样方式路途远，按照样品保存规范，第二天必须要把样品送回实验室检测；大多数情况下这种方式不能做到对河流水质的实时监测。2．采用自动监测仪器进行水质自动监测这种方式可以实时监测水质变化。常规水质在线监测包括：pH，溶解氧，电导率，浊度和温度；其他监测指标还包括氨氮、总碳（TOC）和化学需氧量（COD）、总磷总氮、叶绿素/蓝藻等。只需经过几分钟的数据采集，水质信息就可发送到环境分析中心的服务器中。一旦观察到有某种污染物的浓度发生异变，环境监测部门就可以立刻采取相应的措施，到现场手工取样具体分析。该系统的建立实现了河流水质监测的自动化，避免了人工监测带来的费时费力等各种负面影响。该系统监测数据可通过网络在环境部门共享，为领导决策提供科学依据。以往在河流水质发生重大污染后，通过手工采样实验室分析，分析结果出来后向环境主管部门报告，环境部门才能做出决策，在时间上存在一定的滞后性。而地表水水质自动监测系统的建立可实时传输水质监测数据，当水质情况发生较大变化趋势时，系统会出现水质信息报警，环境部门可以立即响应，把污染损失降到最低，防患于未然，充分发挥水质自动监测的优越性。
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